System Ninja 的主要功能有點類似 CCleaner、KCleaner 或 BleachBit…之類的工具，主要提供了系統垃圾檔、應用程式垃圾、與各種上網暫存檔、記錄檔…等掃描與清除功能，此外還提供了開機啟動項目的管理工具、應用程式移除工具、Process Manager 與電腦硬體訊息及系統分析工具…